Столкнулся с такой же проблемой http://forum.infostart.ru/forum33/topic81229/ . Изначально настроили синхронизацию с Розницей никаких проблем не возникло, в настройках указали все необходимые магазины по которым будет происходить обмен. Но с появлением нового магазина в настройку обмена добавить его не получилось, не получилось также изменить уже настроенные магазины. Разбираться особого желания нет, самый легкий способ добавить его туда программно. Код примитивнейший (3 строчки), есть обычная и управляемая формы. Не забудьте перед изменением плана обмена избавиться от зарегистрированных изменений для обмена.
Вступайте в нашу телеграмм-группу Инфостарт