В договорах с поставщиками лома необходимо отметить категорию "ДоговорЗакупМеталла" (добавляется автоматически при первом запуске). В ПТиУ необходимо снять флаг "Учитывать НДС", но обязательно ввести счёт-фактуру. НДС начисляется сверху по ставке 18/118. Обработка делает записи в НДС Покупки и НДС Продажи, плюс необходимые проводки по счетам 19 и 68.02.
Проверено на 1С:Предприятие 8.3 (8.3.11.3034), УПП 1.3 (1.3.106.2) , КА 1.1 (1.1.101.2).