Знакомая ситуация?
Один из методов решения данной проблемы: это перенос документов прихода на даты, более ранние, чем даты документов реализации товаров. После этого переноса реализации перепроводятся и подхватывают все необходимые партии, определяя максимально "корректную" в сложившемся бардаке себестоимость.
Мой небольшой отчёт на СКД анализирует регистр накопления "Товары на складах", выискивая документы списания (реализации), после которых в регистре образуется отрицательный остаток. Эти документы отчёт выводит в разрезе проблемных складов и номенклатуры, определяя для них ближайший последующий документ прихода товара, который, чаще всего, и требуется сдвинуть на дату чуть более раннюю, чем дата списания.
Отчёт создавался под реальную задачу на Управление производственным предприятием, редакция 1.3 (1.3.67.3), но будет работать на всех конфигурациях, имеющих в своём составе заполняемый регистр накопления Товары на складах.