Откройте отчёт через файл-открыть (если есть права на открытие внешних обработок) или попросите администратора добавить во внешние обработки и отчёты.
Запустите отчёт и по кнопке Настройка на закладке Параметры введите начало и конец периода (например 01.01.2009 и 31.12.2009) и организацию.
Нажмите Сформировать и получите отчёт за год по принимаемым и непринимаемым расходам.
Первая таблица будет содержать моменты начисления расходов (отражения зарплаты, поступления товаров и услуг и пр.). Здесь видно какое количество принимаемых и непринимаемых расходов в принципе может быть.
Вторая таблица - документы оплаты - платёжные поручения, расходные кассовые ордеры и проч, по которой будет видно, правильно ли распределилась сумма документа оплаты по принимаемым и непринимаемым расходам и сколько денег по факту израсходовано для учёта расходов по УСН.
Перед формированием Книги учёта доходов и расходов нужно перепровести документы за этот год с помощью обработки Групповое перепроведение документов (в меню Сервис), не забудьте сделать предварительно резервную копию базы на всякий случай. Затем проверьте, все ли выплаченные деньги (по второй таблице), попали в принимаемые или непринимаемые расходы и соответствует ли сумма непринимаемых расходов оплаченных и начисленных при помощи этого отчёта.
upd 28.03.2011:
Создана новая версия отчёта, пытающаяся найти соответствия в бухучёте и показать расхождения с ними.
Добавлен бонус: поисх расхождений в КУДиР по зарплате, которая показывает обычно криво отредактированные вручную документы по зарплате (отражения и списания с расчётного счёта)