Дополнительно выбирайте ОКАТО/КПП (кроме организации), обработка распределит платежи только в разрезе указанных ОКАТО/КПП.
Кстати, замечено, что нельзя указывать несколько платежей одной датой.
Поставьте различные даты, позже поправьте в уже сформированных документах.