Для выгрузки использовалась обработка "Универсальный обмен в формате XML с отбором" с Инфостарта, но не помню, какая именно из представленных, пользуемся давно и уже переделывали под себя. Обработка из конфигурации не подходит, т.к. выгружает всё подряд, а вот загружать можно и типовой. Выбираем нужные реализации или настраиваем отбор по реквизитам. СФ при его наличии выгружается вместе с документом-основанием.
Поиск существующих документов в базе-приемнике идёт по номеру и дате входящего документа. Если найден - документ не перезаписывается. Это помогает избежать дублирования с первичкой, введённой вручную, и в то же время не затереть её ненароком.
Поиск элементов справочников выполняется либо по идентификатору+поля поиска, либо только по полям поиска, что актуально для классификаторов. Найденные элементы не замещаются, только создаются новые.
Со справочниками "Контрагенты" и "Организации" отдельная история - они не только не замещаются, но и не создаются в случае отсутствия. Поиск выполняется по полям "ИНН" и "КПП". Перед загрузкой документов контрагенты и организации должны быть созданы и настроены.
Использовалось на релизе 3.0.79.14 "Бухгалтерии предприятия" версий ПРОФ и КОРП.