На типовой конфигурации не удалось, без доработки, решить поставленную задачу - счета номенклатуры настроены как надо (для тех позиций, что на патенте счет учета доходов 90.01.2), в учетной политике флаг патента взведен. Возможно, недоработка типовой, возможно я что-то не учел - буду признателен за информацию.
Релиз конфигурации 3.0.87.28.