Последовательность действий:
1. Подключить расширение.
Зайти в меню Администрирование - Печатные формы, отчеты и обработки - Расширения.
Нажать кнопку "Добавить", выбрать файл расширения конфигурации (расширение будет добавлено в список), затем снять галочку "Безопасный режим".
Перезапустить 1С:Предприятие.
2. Обработкой группового изменения реквизитов (доступна через Главное меню - Функции для технического специалиста - обработки - групповое изменение реквизитов) делаем нужный отбор по справочнику номенклатуры, например, отобрать номенклатуру, предварительно отобранную в отдельную папку, и установить реквизит "НЕ Использовать" равно Да.
3. При подборе номенклатуры номенклатура будет скрыта от выбора пользователем.
Протестировано на Бухгалтерия предприятия, редакция 3.0 (3.0.91.31) , платформа 8.3.17.1851.