Документ из которого выполняется выгрузка должен быть идентичным в обоих конфигурациях. Проверялось на документах "Реализация товаров и услуг" и "Инвентаризация товаров на складе". Остальные не проверялись - лучше импорт на тестовой базе пробовать. Обработка писалась на скорую руку, начинающим программером, пытающимся разобраться с XML :) прошу не судить строго.
Upd: обновил обработку, добавил Оприходования, Списания, Перемещения, ПКО, РКО, экспорт/импорт по датам, подразделениям, складам, возможность перенести всю номенклатуру. Условия использования прежние: как есть, внимательно, с проверкой на тестовой базе.