Т.к. техподдержка 1С ответила, что такой возможности в программе не предусмотрено, пришлось найти решение самостоятельно.
Первоначально создадим организацию и магазины, к каждому магазину привяжем свой склад.
Далее настраиваем РИБ и создаем периферийные базы.
Из настройки синхронизации сохраняем правила регистрации и загружаем их в Конвертацию данных.
В справочники добавляем правило "Организации" и отключаем выгрузку при обмене.
Далее сохраняем правила и загружаем в настройку РИБ
Теперь в периферийных базах можно менять реквизиты организации и быть уверенным, что при обмене они не заменятся ни в одной из баз, участвующих в обмене.
Для тех, у кого нет конвертации данных, прикрепляю правила регистрации для релиза 2.1.9.20.