Создать документ "Зарплата к выплате организаций". По кнопке "Выплачивать" указать "Зарплата", чтобы сформировалась вся сумма к выплате за текущий месяц. Заполнить по сотрудникам, рассчитать, провести и закрыть.
Зарегистрировать обработку в "Сервис" - "Дополнительные внешние отчеты и обработки". Выполнить обработку.
В открывшемся окне формы по кнопке "Документ зарплаты" выбрать созданный документ на выплату зарплаты. По кнопке "Сумма аванса" указать сумму аванса. Выполнить.
Снова открыть документ "Зарплата к выплате организаций". Сверить суммы по сотрудникам. У кого сумма аванса больше начисленной суммы - в колонке "Отложить" будет красным. Откорректировать при необходимости.
Готово!