Решение с обработкой:
Создаем документ Перемещение с указанием магазина отправителя и склада отправителя. Записываем его.
Запускаем обработку, выбираем данный документ и нажимаем Заполнить.
Далее заходим в документ и производим заполнение по нужному виду цен.
Решение с расширением:
Подключаем расширение. Создаем документ на перемещение с указанием магазина отправителя и склада отправителя.
В командной строке табличной части нажимаем "Заполнить по остаткам".
Тестировалось на 2.2.4.30, 2.2.5.27, 2.2.6.30, 2.2.8.27