Для проведения инвентаризации 1С:УТ 10.3 советует заполнить документ остатками и занести реальные остатки в графу "Количество". Но ориентироваться в таком документе бывает трудно - туда могут попасть тысячи уже несуществующих товаров, все еще числящихся на учетных остатках. Для большего удобства и наглядности я предлагаю вначале создать документ Инвентаризация001 и заполнить его (сканером или вручную) только наличным товаром. Далее создадим новый Документ.Инвентаризация002, нажмем кнопку "Заполнить\Заполнить учетные количества"\ и перенесем занесенные данные о фактическом количестве из предыдущей краткой Инвентаризации001.
Для автоматизации этого процесса можно использовать мою внешнюю обработку УТ103ИнвентаризацияНаОсновании.epf, указав в качестве источника Документ.Инвентаризация001, а в качестве приемника - Документ.Инвентаризация002 .
Для завершения процесса инвентаризации останется создать документы Оприходование и Списание на основании Документа.Инвентаризация002.
Тестировалась на релизах (УТ10.3.49.1, 10.3.50.1).