Для этого можно воспользоваться парой документов Корректировка задолженности по финансовым инструментам с использованием транзитного счета 76.29.
В первой Корректировке указать сумму, на которую нужно уменьшить кредиторку в валюте.

На вкладке Доходы указать транзитный счет и рублевый договор

Проводки нужно исправить вручную, указав валюту в аналитике 76.29 и сумму разницы в рублях между списанной задолженностью по ЦБ и по курсу банка, выдавшего кредит.

Во второй корректировке тип - корректировка дебиторской задолженности, указать рублевый договор и сумму по курсу банка, выдавшего кредит. Вкладка Расходы и пассивы аналогична первой корректировке.

Проводки также отредактировать, добавив валюту и сумму разницы в рублях.

Теперь на 76.29 имеется дебетовый остаток на рублевую разницу между суммами списанной задолженности с валютного договора по курсу ЦБ и начисленной на рублевой договор суммой по курсу банка, выдавшего кредит.
При закрытии месяца сформируется регламентная операция по расчету курсовых разниц, и данная разница будет отнесена на прочие расходы.

Вступайте в нашу телеграмм-группу Инфостарт