При начислении зарплаты получаем одну сумму НДФЛ, а при выплате, - в ведомости на выдачу
сумма НДФЛ другая, - меньше рассчитанной.

На скрине случай, когда никаких других выплат и удержаний по НДФЛ не было. Это начало года.
НДФЛ начисленный 12 363 руб, а в ведомости уже 1 755 руб.

Разница в исчисленном и удерживаемом НДФЛ объясняется остатками «неиспользованного аванса».
Анализируя движения документа «НачислениеЗП» по регистру «Расчеты налогоплательщиков с бюджетом по НДФЛ», видно, что сумма НДФЛ уменьшилась на сумму 6 936 руб. не использованного остатка аванса за октябрь 2025 и еще на 3 672 руб из ноябрьского остатка.
Проверяем: 12363-6936-3672 = 1755 руб.

Простая настройка универсального отчета позволяет выявить такие ошибочные ситуации.

Ошибка редкая, но каверзная, - не сразу ее обнаруживаешь.
Исправлять можно «переносом данных» для ЗУП или «операцией введенной вручную» для Бухгалтерии. В описываемом случае была возможность увеличить сумму зарплаты за декабрь (за счет премии) и все «неиспользованные авансы» закрылись в декабре. Январь пересчитали, и ошибки уже не было.
Идеология ошибки понятна. В октябре выдали большой аванс, начислили НДФЛ. В расчет сумма начисления была меньше аванса и не весь НДФЛ от сторнировался, - остался положительный остаток.
В ноябре опять выдали большой аванс и меньший расчет, и еще осталась сумма.
А вот почему августовская сумма (6441 руб.) так и осталась висеть, не ясно. Как вариант: программа проверила сентябрь, - там ноль, - а более ранние остатки уже не проверяла.
В настройках отчета следует выбирать период за несколько последних месяцев. Остатки текущего месяца ошибкой не являются.
Другая похожая ошибка когда сумма «не использованного аванса» по регистру «учет доходов для НДФЛ» влияет на исчисленный НДФЛ описана в публикации //infostart.ru/1c/reports/2608538/.
Вступайте в нашу телеграмм-группу Инфостарт