В моем случае необходимо было брать "Способ отражения ЗП в бухучете" не из базы среднего, а из подразделения сотрудника.
Данное расширение в менеджере временных таблиц запроса берет таблицу "ВТБухучетНачисленийПоБазеСреднегоЗаработка" меняет в ней "СпособОтраженияЗарплатыВБухучете" и помещает таблицу обратно в менеджер.
Расширение можно доработать под ваши потребности.
Расширение для 1С 8.3 конфигурации ЗИКГУ 3.1.23.561.
Как подключить см. здесь: //infostart.ru/1c/articles/442003/#Join.