1. Для того, чтобы отразить тот факт, что организация полностью перечислила удержанный НДФЛ в бюджет, необходимо обнулить регистр "Расчеты налоговых агентов с бюджетом по НДФЛ"
2. Для пользователей:
2.1 Создаете документ "Корректировка записей регистров накопления", в котором выбираете регистр "Расчеты налоговых агентов с бюджетом по НДФЛ"
2.2 Выполняете обработку "Закрытие регистров накопления (ПАС)", предварительно выбрав в ней созданный документ и сформировав отчет по остаткам регистра (спасибо автору обработки - она была размещена на Инфостарте, повторно ее почему-то не нашел, в ней изменено несколько строк)