Реализовано все через расширение конфигурации.
Тестировалось на версии: Бухгалтерия предприятия, редакция 3.0 (3.0.76.73).
Изменения внесены в двух местах.
Общий модуль ОтправкаПочтовыхСообщений
Обработка ПечатьСчетаНаОплату
Готовых решений не нашёл и поэтому набросал данное расширение.